日本の寺院にはさまざまなものがあり、全国各地に分布していますが、宗派や信仰する内容、立地している場所には違いがあります。古代から連綿と続く寺院には、当時としての最先端の学問や技術を修め、日本という国家の安寧を祈願する拠点として機能していたものがあり、たとえば奈良の興福寺や東大寺、薬師寺、唐招提寺などの南都六宗の寺院はその典型的なものです。このなかには東大寺大仏殿をはじめとして、国宝や重要文化財に指定される貴重な文化財を多く抱えるものがあります。
また平安時代以降、俗世を避けて学問に勤しむことを目的とする山岳寺院の建立も盛んになります。和歌山県の高野山金剛峯寺、滋賀県の比叡山延暦寺は今日でも真言宗と天台宗という宗派の総本山として知られます。このような宗教的な潮流とともに、古代からの自然崇拝が融合して、山林での肉体的な修行を重視する、修験道のような宗派も生まれます。これには青森県の恐山、和歌山県の熊野三山、栃木県の日光山なとがありますが、明治時代の神仏分離令にともない仏教的要素が取り払われ、現在はもっぱら神社となっているものもあります。たとえば熊野三山であれば熊野本宮大社、熊野速玉大社、熊野那智大社という神社になっていますが、もともとは仏教と神道が両方とも同じ場所で信仰されていたものとみることができます。
ほかには鎌倉時代に相次いで登場した、いわゆる鎌倉新仏教に属する寺院は。広く一般庶民にも信仰されたことから、山間部に限らず、町中や村の集落の中などにも多く建てられています。これには念仏を唱えることで救われると説く浄土宗や浄土真宗、題目を重視する日蓮宗などがあります。京都の知恩院や東本願寺、西本願寺、身延山久遠寺などの大寺院もこれらの宗派です。座禅などを採り入れたものは禅宗とよばれ、臨済宗や曹洞宗が有名であり、京都府の建仁寺や福井県の永平寺などが中心です。枯山水の庭園や水墨画などの日本の伝統的な芸術文化の面でも大きな足跡を残しています。